COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.462385
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.417635
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.393005
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.356470
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.343202
2020-09-07 17:00:00 2.722158 1.912587 2.363142
2020-09-06 17:00:00 2.416035 2.416035 2.366071

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.349143
2020-09-11 17:00:00 3.089144 1.461378 1.441614
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.529087
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.614608
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.453036 1.617358
2020-09-07 17:00:00 2.475248 1.565762 1.604469
2020-09-06 17:00:00 2.716823 2.716823 1.702762

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.606796 1.036464
2020-09-11 17:00:00 1.957586 1.957586 1.039866
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 1.029948
2020-09-09 17:00:00 2.055800 1.027900 0.998983
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 0.965373
2020-09-07 17:00:00 1.388889 0.156250 0.915080
2020-09-06 17:00:00 2.027027 2.027027 0.863433

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 1.169896
2020-09-11 17:00:00 0.509879 1.147228 1.170877
2020-09-10 17:00:00 0.573477 1.254480 1.153276
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.189256
2020-09-08 17:00:00 0.684932 0.526662 1.209332
2020-09-07 17:00:00 2.741935 1.127321 1.208347
2020-09-06 17:00:00 1.790451 1.790451 1.206538

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 3.001886
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 3.053875
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 3.121045
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 3.125465
2020-09-08 17:00:00 4.373024 4.373024 3.093371
2020-09-07 17:00:00 5.969332 5.969332 3.136104
2020-09-06 17:00:00 2.052124 2.052124 3.114648

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.505564
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.478449
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.429887
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.394865
2020-09-08 17:00:00 2.274377 1.856240 2.357741
2020-09-07 17:00:00 2.690035 2.690035 2.361823
2020-09-06 17:00:00 1.764120 2.506063 2.342598

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.452572
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.348916
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.227219
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 3.047561
2020-09-08 17:00:00 2.097902 2.097902 2.875513
2020-09-07 17:00:00 1.646707 1.646707 2.817211
2020-09-06 17:00:00 4.464286 4.464286 2.718098

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.698497
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.692748
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.672705
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.655224
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.636068
2020-09-07 17:00:00 1.750138 1.750138 1.607113
2020-09-06 17:00:00 1.249232 1.582019 1.580635

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 6.038976
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 5.909979
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 5.600846
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 5.407033
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 5.177931
2020-09-07 17:00:00 13.915094 4.534973 5.002158
2020-09-06 17:00:00 13.389626 13.389626 4.859306

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.147967
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.128947
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.128714
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.108019
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 2.094315
2020-09-07 17:00:00 1.613620 3.582531 2.076035
2020-09-06 17:00:00 2.398837 2.398837 2.078720

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 2.506941
2020-09-11 17:00:00 5.086849 2.481390 2.473098
2020-09-10 17:00:00 4.854369 2.487864 2.416619
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.357540
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.280677
2020-09-07 17:00:00 1.724138 2.354399 2.159114
2020-09-06 17:00:00 2.478315 2.478315 2.092785

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.163434
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.204637
2020-09-10 17:00:00 0.655022 0.655022 1.182209
2020-09-09 17:00:00 0.917431 0.917431 1.126782
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.134353
2020-09-07 17:00:00 5.142857 5.142857 1.085622
2020-09-06 17:00:00 0.769231 0.769231 1.026460

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 2.873152
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 2.802141
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.647718
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 2.527221
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 2.492724
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.372929
2020-09-06 17:00:00 3.225806 3.225806 2.279414

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.400666
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.518565
2020-09-10 17:00:00 12.330827 3.909774 4.513179
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 4.780118
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 4.751079
2020-09-07 17:00:00 8.673469 8.673469 4.835912
2020-09-06 17:00:00 6.122449 6.122449 4.787754

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.027159
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 2.965069
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.903329
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.379236 2.841176
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.759520
2020-09-07 17:00:00 2.517007 2.517007 2.659063
2020-09-06 17:00:00 2.278275 2.278275 2.600691

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.370239
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.355852
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.365984
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.359051
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.420424 2.318479
2020-09-07 17:00:00 2.718078 1.564774 2.285934
2020-09-06 17:00:00 3.919007 2.201431 2.303411

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.874341
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.881620
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.817556
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.839008
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.801087
2020-09-07 17:00:00 5.640535 5.640535 3.903160
2020-09-06 17:00:00 1.741522 5.041247 3.867756

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 2.972522
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 2.985473
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 2.950722
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.933810
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.842021
2020-09-07 17:00:00 3.616236 3.616236 2.805718
2020-09-06 17:00:00 1.911157 1.911157 2.742784

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.942275
2020-09-11 17:00:00 2.937063 1.978022 1.902279
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.874512
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.825500
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.782736
2020-09-07 17:00:00 1.743947 1.743947 1.769343
2020-09-06 17:00:00 1.861175 1.861175 1.763037

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.396497
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.448059
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.371606
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.378017
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.296931
2020-09-07 17:00:00 3.282828 1.428571 2.219719
2020-09-06 17:00:00 3.071253 3.071253 2.237630

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 1.954223
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.006152
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.169101
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.187401
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 2.064638
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.529741
2020-09-06 17:00:00 0.000000 0.000000 2.656007

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 3.123058
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 3.011593
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 2.967325
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.884275
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.855588
2020-09-07 17:00:00 3.441397 3.441397 2.805528
2020-09-06 17:00:00 5.407855 5.407855 2.789846

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.148225 1.148225 1.349143
Basilicata 0.606796 0.606796 1.036464
Calabria 1.176471 1.176471 1.169896
Campania 2.118906 2.118906 3.001886
Emilia-Romagna 2.806589 2.806589 2.505564
Friuli Venezia Giulia 4.529617 4.529617 3.452572
Lazio 1.755777 1.755777 1.698497
Liguria 7.865169 7.865169 6.038976
Lombardia 2.662575 2.662575 2.147967
Marche 3.529412 3.529412 2.506941
Molise 1.282051 1.282051 1.163434
P.A. Bolzano 3.205128 3.205128 2.873152
P.A. Trento 3.308271 3.308271 4.400666
Piemonte 5.201342 5.201342 3.027159
Puglia 1.952724 1.952724 2.370239
Sardegna 3.377483 3.377483 3.874341
Sicilia 1.775626 1.775626 2.972522
Toscana 3.055802 3.055802 1.942275
Umbria 3.303303 3.303303 2.396497
Valle d'Aosta 1.785714 1.785714 1.954223
Veneto 3.024326 3.024326 3.123058
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sat Sep 12 17:44:48 2020 revision 16, 6adbdd6